Чтобы добавить «chr» в начало каждой строки в файле VCF (Variant Call Format) с помощью Bash, вы можете использовать различные методы. Вот несколько примеров:

Метод 1: использование awk

awk '{if($0 !~ /^#/) print "chr"$0; else print $0}' input.vcf > output.vcf

Метод 2: использование sed

sed 's/^\([^#]\)/chr\1/' input.vcf > output.vcf

Метод 3: использование Perl

perl -pe 's/^(?!#)/chr/' input.vcf > output.vcf

Метод 4. Использование Python

python -c 'import sys; [sys.stdout.write("chr"+line) if not line.startswith("#") else sys.stdout.write(line) for line in open("input.vcf")]' > output.vcf

В каждом из этих методов замените input.vcfна путь к входному файлу VCF, а output.vcfна желаемое имя выходного файла.