Чтобы преобразовать файл Biom в формат TSV (значения, разделенные табуляцией), вы можете использовать различные языки программирования и библиотеки. Вот несколько методов с примерами кода с использованием разных языков программирования:

1. Python с библиотекой формата biom:

   from biom import load_table
   def biom_to_tsv(biom_file, tsv_file):
   table = load_table(biom_file)
   with open(tsv_file, 'w') as f:
       f.write('\t'.join(['#OTU ID'] + table.ids(axis='sample')) + '\n')
       for observation_id, observation in table.iter(axis='observation'):
           values = [str(observation_id)]
           values.extend([str(value) for value in observation])
           f.write('\t'.join(values) + '\n')
   # Usage
   biom_to_tsv('input.biom', 'output.tsv')

2. R с пакетом биоформата:

   library(biomformat)
   biom_to_tsv <- function(biom_file, tsv_file) {
   biom <- load_biom(biom_file)
   tsv_data <- as.matrix(biom)
   colnames(tsv_data) <- colnames(biom)
   write.table(tsv_data, file = tsv_file, sep = '\t', quote = FALSE)
   }
   # Usage
   biom_to_tsv('input.biom', 'output.tsv')

3. Bash с использованием инструментов командной строки формата biom:

   biom convert -i input.biom -o output.tsv --to-tsv

Обратите внимание, что во всех примерах вам необходимо заменить 'input.biom'на путь к входному файлу Biom, а 'output.tsv'на желаемый путь и имя выходного файла TSV.