Предоставленный вами URL-адрес представляет собой страницу документации для biom-format.org, в частности, о преобразовании между форматами файлов. Вот несколько методов с примерами кода для преобразования между форматами таблиц biom и таблицами, разделенными табуляцией:
-
Преобразовать таблицу, разделенную табуляцией, в биом-формат HDF5 или JSON:
biom convert -i table.txt -o table.from_txt_json.biom --table-type="OTU table" --to-json biom convert -i table.txt -o table.from_txt_hdf5.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5 -
Преобразовать формат биома в формат таблицы, разделенной табуляцией:
biom convert -i table.biom -o table.from_biom.txt --to-tsv -
Преобразовать формат biom в классический формат, включая метаданные наблюдения таксономии в последнем столбце таблицы классического формата:
biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy -
Преобразуйте формат biom в классический формат, включая метаданные наблюдений таксономии в качестве последнего столбца таблицы классического формата, и переименуйте этот столбец в ConsensusLineage:
biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_consensuslineage.txt --to-tsv --header-key taxonomy --output-metadata-id "ConsensusLineage" -
Обмен данными между biom и tsv:
# Convert from biom to txt biom convert -i otu_table.biom -o otu_table.txt --to-tsv --header-key taxonomy # Make your changes in Excel. # Convert back to biom biom convert -i otu_table.txt -o new_otu_table.biom --to-hdf5 --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy -
Преобразование таблиц OTU QIIME 1.4.0 и более ранних версий в формат BIOM:
# Rename the ConsensusLineage column as taxonomy sed 's/Consensus Lineage/ConsensusLineage/' < otu_table.txt | sed 's/ConsensusLineage/taxonomy/' > otu_table.taxonomy.txt # Perform the conversion including converting the taxonomy string biom convert -i otu_table.taxonomy.txt -o otu_table.from_txt.biom --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy --to-hdf5