Для подсчета штрих-кодов в неопределенном файле FASTQ вы можете использовать различные языки программирования и подходы. Вот несколько методов с примерами кода с использованием Python:

Метод 1. Использование регулярных выражений

import re
def count_barcodes(file_path):
    barcode_pattern = r'^\+[A-Z]+\n([ATCGN]+)\n'
    barcode_count = 0
    with open(file_path, 'r') as file:
        data = file.read()
    matches = re.findall(barcode_pattern, data, re.MULTILINE)
    barcode_count = len(matches)
    return barcode_count
# Usage example
file_path = 'path/to/your/file.fastq'
count = count_barcodes(file_path)
print(f'Total barcodes found: {count}')

Метод 2: использование BioPython

from Bio import SeqIO
def count_barcodes(file_path):
    barcode_count = 0
    with open(file_path, 'r') as file:
        for record in SeqIO.parse(file, 'fastq'):
            barcode_count += 1
    return barcode_count
# Usage example
file_path = 'path/to/your/file.fastq'
count = count_barcodes(file_path)
print(f'Total barcodes found: {count}')

Метод 3: использование Fastx Toolkit (инструмент командной строки)

Вы также можете использовать внешние инструменты, такие как Fastx Toolkit, который предоставляет утилиты командной строки для обработки FASTQ.

fastx_barcode_splitter.pl --bcfile barcodes.txt --bol --exact --prefix output. --suffix ".fastq" --mismatches 1 --eol --reads file.fastq

Эта команда разбивает файл FASTQ на основе штрих-кодов, указанных в файле barcodes.txt, и генерирует отдельные выходные файлы для каждого штрих-кода.