BAM (двоичное выравнивание/картирование) и SAM (выравнивание/сопоставление последовательностей) — широко используемые форматы файлов в биоинформатике для хранения данных выравнивания нуклеотидных последовательностей, полученных в результате экспериментов по высокопроизводительному секвенированию. Преобразование файлов BAM в формат SAM — распространенная задача, которую часто выполняют с помощью программного пакета samtools. В этой статье мы рассмотрим различные методы преобразования BAM в SAM с помощью samtools, а также примеры кода.

Методы:

Метод 1: базовое преобразование

samtools view -h -o output.sam input.bam

Эта команда использует функцию viewв samtools для преобразования файла BAM input.bamв формат SAM и сохраняет его как output.sam. Флаг -hсохраняет информацию заголовка в выходном файле.

Метод 2: сортировка и преобразование

samtools sort input.bam -o sorted.bam
samtools view -h -o output.sam sorted.bam

Этот метод сначала сортирует файл BAM с помощью функции sort, сохраняя отсортированный результат как sorted.bam. Затем отсортированный файл BAM преобразуется в формат SAM с помощью функции view, а результат сохраняется как output.sam.

Метод 3. Использование подмножества региона

samtools view -h -o output.sam input.bam chr1:1000-2000

Этот метод извлекает определенную область из файла BAM, предоставляя диапазон геномных координат (в этом примере chr1:1000-2000). Результирующий файл SAM будет содержать выравнивания только внутри этой области.

Метод 4: преобразование только сопоставленных операций чтения

samtools view -h -F 4 -o output.sam input.bam

При использовании флага -Fсо значением 4 этот метод исключает несопоставленные операции чтения из выходного файла SAM. Будут преобразованы только сопоставленные чтения.

Метод 5: преобразование только правильно спаренных операций чтения

samtools view -h -f 2 -o output.sam input.bam

Этот метод преобразует только правильно спаренные чтения с использованием флага -fсо значением 2. Он исключает чтения, которые не спарены должным образом, из выходного файла SAM.

Преобразование файлов BAM в формат SAM является важным шагом в различных биоинформатических анализах. В этой статье мы рассмотрели несколько методов преобразования BAM в SAM с помощью samtools, приведя примеры кода для каждого метода. Если вам нужно базовое преобразование, сортировка и преобразование, извлечение определенных регионов, преобразование только сопоставленных операций чтения или преобразование только правильно спаренных операций чтения, samtools предлагает гибкие возможности для удовлетворения ваших потребностей. Овладев этими методами преобразования, вы сможете эффективно обрабатывать и анализировать данные выравнивания в формате SAM.