PyMOL — мощный инструмент молекулярной визуализации, широко используемый в структурной биологии и разработке лекарств. API PyMOL CMD позволяет пользователям программно управлять PyMOL. В этой статье мы рассмотрим несколько методов сохранения изображений PNG с использованием PyMOL CMD API. Мы предоставим примеры кода для каждого метода, что позволит вам легко реализовать экспорт изображений в ваших скриптах PyMOL.

Метод 1: использование команды «ray».
Команда «ray» в PyMOL генерирует высококачественные изображения с трассировкой лучей. Указав выходной формат PNG, мы можем сохранить полученное изображение непосредственно в файл.

Пример кода:

# Import PyMOL and initialize
import pymol
from pymol import cmd
pymol.finish_launching()
# Load a molecule
cmd.load("my_molecule.pdb")
# Set the desired view
cmd.zoom()
# Generate a PNG image using the "ray" command
cmd.ray(800, 600)
cmd.png("output_image.png", dpi=300)
# Clean up
cmd.delete("all")

Метод 2: использование команды «png»:
API PyMOL CMD предоставляет специальную команду «png» для сохранения изображений в формате PNG. Этот метод прост и не требует трассировки лучей.

Пример кода:

# Import PyMOL and initialize
import pymol
from pymol import cmd
pymol.finish_launching()
# Load a molecule
cmd.load("my_molecule.pdb")
# Set the desired view
cmd.zoom()
# Generate a PNG image using the "png" command
cmd.png("output_image.png", dpi=300)
# Clean up
cmd.delete("all")

Метод 3: использование метода «png» в классе «Редактор»:
API CMD PyMOL предоставляет класс «Редактор» с различными методами для управления сценами PyMOL. Метод «png» в этом классе можно использовать для сохранения изображений в формате PNG.

Пример кода:

# Import PyMOL and initialize
import pymol
from pymol import cmd, editor
pymol.finish_launching()
# Load a molecule
cmd.load("my_molecule.pdb")
# Set the desired view
cmd.zoom()
# Create an instance of the Editor class
ed = editor
# Generate a PNG image using the "png" method in the Editor class
ed.png("output_image.png", dpi=300)
# Clean up
cmd.delete("all")

В этой статье мы рассмотрели несколько методов сохранения изображений PNG с использованием PyMOL CMD API. Команда «ray» включает трассировку лучей и создает высококачественные изображения, а специальная команда «png» обеспечивает простой способ экспорта изображений. Кроме того, метод «png» в классе «Редактор» предлагает альтернативный подход. Включив эти методы в свои сценарии PyMOL, вы сможете эффективно создавать и сохранять молекулярную графику в формате PNG.