В предложенном вами термине «производные неразрывные выравнивания называются названными» содержится опечатка. Тем не менее, я все равно могу предоставить информацию о производных неразрывных выравниваниях.
Производное выравнивание без пробелов относится к типу выравнивания последовательностей в биоинформатике, при котором пробелы (вставки или удаления) не допускаются в процессе выравнивания. Вместо этого эти выравнивания направлены на выравнивание областей последовательностей, которые имеют точное совпадение.
Вот некоторые методы, обычно используемые для создания производных неразрывных выравниваний:
-
Точное совпадение с исходным кодом и расширением. Этот метод включает в себя поиск коротких точных совпадений (начальных чисел) между последовательностями и последующее расширение этих совпадений для создания неразрывных выравниваний.
-
Методы на основе слов. Эти методы разбивают последовательности на слова фиксированной длины или k-меры и ищут точные совпадения между словами. Совпадения расширяются для создания неразрывных совпадений.
-
Массивы суффиксов. Массивы суффиксов — это структуры данных, в которых хранятся все суффиксы последовательности. Их можно использовать для эффективного определения точных совпадений и получения неразрывных совпадений.
-
Алгоритмы хеширования. Алгоритмы хеширования, такие как BLAST (инструмент базового локального поиска выравниваний), можно использовать для определения точных совпадений между последовательностями и создания неразрывных выравниваний.
-
Преобразование Берроуза-Уилера: Преобразование Берроуза-Уиллера (BWT) — это обратимое преобразование, которое переупорядочивает символы в последовательности, чтобы облегчить эффективный поиск точных совпадений и получение неразрывных выравниваний.
-
Максимальные точные совпадения. Этот метод определяет все максимальные точные совпадения (MEM) между последовательностями и создает неразрывные выравнивания, используя эти совпадения.
-
Закрепленное выравнивание. Закрепленное выравнивание – это метод, при котором подмножество последовательностей привязывается к эталонной последовательности, а выравнивания без пропусков получаются на основе закрепленных областей.